Os recursos depositados no Fundo, com base no incentivo fiscal, são aplicados na execução de projetos desenvolvidos pelas instituições de atendimento à criança e ao adolescente, analisados e aprovados pelo COMDICA em Assembléia Deliberativa, estando sujeito ao acompanhamento e fiscalização do Conselho, bem como, a prestação de contas desses recursos, que é submetida à Equipe de Monitoramento e Avaliação do órgão municipal operacionalizador do FMDCA (FAS), e encaminhados para a Auditoria da Prefeitura, garantindo assim a aplicação correta dos recursos.